歷經十七年談判，台日正式簽署《漁業協議》。除中國外，國內與國際論者大都肯定該協議，本案或不免因勢成事，然台灣國小力微，有此結果，從海洋法檢視，仍令人驚豔，確實值得按個「讚」。
首先，本協議可使台灣提升至釣魚台主權爭端一方。蓋我國過去雖主張釣魚台主權，但僅止於自我宣示，日本並未理會。而《協議》第二條第一項所規定「協議適用海域」範圍之點L（北緯27度、東經126度20分）、點J（北緯25度40分、東經126度）、與點K（北緯26度30分、東經126度），均已超過從台灣本島或彭佳嶼起算200浬外，惟有從釣魚台起算，我國始能將專屬經濟區擴張至此等海域。從此觀察，法律上或可解釋成：日本是已在雙方協議中「默認」台灣是釣魚台主權爭端方。
至於協議適用海域雖限於「專屬經濟海域」，使釣魚台列嶼周邊12浬領海遭排除，然即因此，讓台灣得表述：「釣魚台列嶼周邊12浬是『我國』主權所及之領海，並不包括在協議適用海域之內」，日本亦然，如此各自解釋，維持主權爭議狀態。
至於協議適用海域雖限於「專屬經濟海域」，使釣魚台列嶼周邊12浬領海遭排除，然即因此，讓台灣得表述：「釣魚台列嶼周邊12浬是『我國』主權所及之領海，並不包括在協議適用海域之內」，日本亦然，如此各自解釋，維持主權爭議狀態。
立場爭執審慎以對
而為避免因此放棄主權疑慮，《協議》第四條再載入權益保留條款：「本協議之所有事項或為實施而採取之措施，均不得認為影響雙方具權限之主管機關有關海洋法諸問題之相關立場。」稱「有關『海洋法』諸問題立場」一語，攸關緊要，蓋雙方立場涉及國家主權、海域管轄權限、海域劃界等等，解釋上已提升至國家層次，因為僅有「國家」始適用海洋法處理該等議題。
此外，漁業實質利益，同樣確保，甚至稍有「長進」。協議適用海域有3處超過我國暫訂執法線範圍，除為漁民作業擴大約4530平方公里海域外，更值關注者是，根據統計資料，此新增暫訂執法線內外海域是漁民作業受日方干擾最頻繁海域，幾佔爭執90%以上案件，藉此《協議》確保漁民在此海域作業順暢，無庸再因台日重疊專屬經濟區或主權爭端而畏首畏尾，不僅消除台日對峙危機，確保區域和平，亦可減少我國執法船舶浪費能量。
然「先慮未然，而後康樂」，《協議》未徹底解決問題。第一、釣魚台主權懸而未決，面對進入釣魚台領海內作業漁船，雙方必尖銳對峙，不僅台日將面臨考驗，中國更不會放棄利用民族主義，藉漁業爭端要求共同「抗日」，試圖將台灣拉離民主陣營。
第二、《協議》限於北緯27度以南，而暫定執法線所涵蓋之北緯27度以北至北緯29度漁場，日本以該海域是1997年中日東海暫置措施海域，台灣船舶無權捕魚，我國自始不承認，海巡署明白更表示：「關於北緯27度以北及日本先島諸島以南之我國『暫定執法線』內，政府仍將繼續維護我國漁船現行作業環境，以保障我國漁民合法權益。」台日雙方立場不變，爭執持續存在，未來台日漁業委員會應速將此海域排入議程處理，審慎以對。
第三、中國「嚴重關切」，而以往基於作業經濟與安全考量，中國漁船鮮有到協議適用海域作業者，然中國若基於「政策考量」，持續派遣漁船進入協議適用海域作業，台日要如何面對此等中國漁船，同樣將考驗各方之智慧。
此外，漁業實質利益，同樣確保，甚至稍有「長進」。協議適用海域有3處超過我國暫訂執法線範圍，除為漁民作業擴大約4530平方公里海域外，更值關注者是，根據統計資料，此新增暫訂執法線內外海域是漁民作業受日方干擾最頻繁海域，幾佔爭執90%以上案件，藉此《協議》確保漁民在此海域作業順暢，無庸再因台日重疊專屬經濟區或主權爭端而畏首畏尾，不僅消除台日對峙危機，確保區域和平，亦可減少我國執法船舶浪費能量。
然「先慮未然，而後康樂」，《協議》未徹底解決問題。第一、釣魚台主權懸而未決，面對進入釣魚台領海內作業漁船，雙方必尖銳對峙，不僅台日將面臨考驗，中國更不會放棄利用民族主義，藉漁業爭端要求共同「抗日」，試圖將台灣拉離民主陣營。
第二、《協議》限於北緯27度以南，而暫定執法線所涵蓋之北緯27度以北至北緯29度漁場，日本以該海域是1997年中日東海暫置措施海域，台灣船舶無權捕魚，我國自始不承認，海巡署明白更表示：「關於北緯27度以北及日本先島諸島以南之我國『暫定執法線』內，政府仍將繼續維護我國漁船現行作業環境，以保障我國漁民合法權益。」台日雙方立場不變，爭執持續存在，未來台日漁業委員會應速將此海域排入議程處理，審慎以對。
第三、中國「嚴重關切」，而以往基於作業經濟與安全考量，中國漁船鮮有到協議適用海域作業者，然中國若基於「政策考量」，持續派遣漁船進入協議適用海域作業，台日要如何面對此等中國漁船，同樣將考驗各方之智慧。
